Dissimilarity among elite apple genotypes of Epagri based on phenotypic and molecular characterization
Keywords:
Malus x domestica, apple breeding, germplasm conservaton, minimum descriptors, SSR markersAbstract
The distinction among apple genotypes is based on phenotypic descriptors, however, the use of molecular markers allows the characterization free of environmental effects. The objective of the work was to access the genetic variability among apple tree genotypes based on morphological and molecular descriptors, and to verify the efficiency of discrimination using different character sets. The cultivars Daiane, SCS417 Monalisa, SCS425 Luiza, SCS426 Venice, SCS427 Elenise, Epagri 405 Fuji Suprema, Galaxy and the selection M-10/09 were evaluated by 57 phenotypic descriptors and genetic markers generated by 12 sets of SSR primers. The genotypes were allocated at four distinct groups based on the performance for descriptors and at two groups considering the dissimilarity identified by 52 SSR markers and by combining minimal descriptors and genetic markers, suggesting greater robustness of the characterization when it contemplates the use of molecular markers.
Downloads
References
CRUZ, C.D. GENES: a sofware package for analysis in experimental statstcs and quanttatve genetcs. Acta Scientarum: Agronomy, Maringá, v.35, n.3, p.271-276, 2013.
FERNÁNDEZ-FERNÁNDEZ, F.; EVANS, K.M.; CLARKE, J.B.; GOVAN, C.L.; JAMES, C.M.; MARIČ, S.; TOBUTT, K.R. Development of an STS map of an interspecifc progeny of Malus. tree Genetcs & Genomes, Berlin, v.4, n.3, p.469-479, 2008.
GALLI, Z.; HALÁSZ, G.; KISS, E.; HESZKY, L.; DOBRÁNSZKI, J. Molecular identfcaton of commercial apple cultvars with microsatellite markers. hortScience, St. Joseph, v.40, n.7, p.1974-1977, 2005.
GIANFRANCESCHI, L.; SEGLIAS, N.; TARCHINI, R.; KOMJANC, M.; GESSLER, C. Simple sequence repeats for the genetic analysis of apple. theoretical and Applied Genetics, Berlin, v.96, n.8, p.1069-1076, 1998.
GOWER, J.C. A general coefcient of similarity and some of its properties. Biometrics, Arlington, v.27, n.4, p.857-871, 1971.
HIDRAS – HIGH-QUALITY DISEASE RESISTANT APPLES FOR A SUSTAINABLE AGRICULTURE. HIDRAS SSRdb: complete list of SSR markers. Milano, 4 out. 2009. Disponível em:
CompleteSRRtable.php>. Acesso em: 25 out. 2017.
HOKANSON, S.C.; SZEWC-MCFADDEN, A.K.; LAMBOY, W.F.; MCFERSON, J.R. Microsatellite (SSR) markers reveal genetic identities, genetic diversity and relationships in a Malus x Domestica Borkh. core subset collection. theoretical and Applied Genetics, Berlin, v.97, n.5-6, p.671-683, 1998.
JACKSON, J.E. the biology of apples and pears. Cambridge, UK: Cambridge University Press, 2003.
JONES, C.J.; EDWARDS, K.J.; CASTAGLIONE, S.; WINFIELD, M.O.; SALA, F.; VAN DE WIEL, C.; BREDEMEIJER, G.; VOSMAN, B.;
MATTHES, M.; DALY, A.; BRETTSCHNEIDER, R.; BETTINI, P.; BUIATTI, M.; MAESTRI, E.; MALCEVSCHI, A.; MARMIROLI, N.; AERT, R.; VOLCKAERT, G.; RUEDA, J.; LINACERO, R; VAZQUEZ, A.; KARP, A. Reproducibility testing of RAPD, AFLP and SSR markers in plants by a network of European laboratories. Molecular Breeding, Dordrecht, v.3, n.5, p.381-390, 1997.
KITAHARA, K.; MATSUMOTO, S. Sequence of the S 10 cDNA from ‘McIntosh’ apple and a PCR-digestion identification method. hortScience, St. Joseph, v.37, n.1, p.187-190, 2002.
LIEBHARD, R.; GIANFRANCESCHI, L.;, KOLLER, B.; RYDER, C.D.; TARCHINI, R.; VAN DE WEG, E.; GESSLER, C. Development and
characterisation of 140 new microsatellites in apple (Malus x Domestica Borkh.). Molecular Breeding, Dordrecht, v.10, n.4, p.217- 241, 2002.
MACHADO, C.F.; JESUS, F.N.; LEDO, C.A.S. Divergência genétca de acessos de maracujá utlizando descritores quanttatvos e qualitatvos. revista Brasileira de frutcultura, Jabotcabal, v.37, n.2, p.442-449, 2015.
MAECHLER, M.; ROUSSEEUW, P.; STRUYF, A.; HUBERT, M.; HORNIK, K.; STUDER, M; ROUDIER, P.; GONZALEZ, J. the cluster package. Vienna: The R Foundation, 2017. Disponível em: . Acesso em: 10 out. 2017.
MINISTÉRIO DA AGRICULTURA, PECUÁRIA E ABASTECIMENTO. Proteção de cultvares no Brasil. Brasília, DF: Mapa, 2011.
MINISTÉRIO DA AGRICULTURA, PECUÁRIA E ABASTECIMENTO. Macieira frutfera (Malus spp.): novo formulário descritor. Brasília, DF: Mapa, 2012. Disponível em:
DOC>. Acesso em: 8 mar. 2018.
MORGANTE, M.; OLIVIERI, A.M. PCR-amplified microsatellites as markers in plant genetics. the Plant Journal, Gainesville, v.3, n.1, p.175-182, 1993.
NEITZKE, R.S.; BARBIERI, R.L.; RODRIGUES, W.F.; CORRÊA, I.V.; CARVALHO, F.I.F. Dissimilaridade genétca entre acessos de pimenta com potencial ornamental. hortcultura Brasileira, Brasília, DF, v.28, n.1, p.47-53, 2010.
OLIVEIRA, M.S.P.; FERREIRA, D.F.; SANTOS, J.B. Seleção de descritores para caracterização de germoplasma de açaizeiro para
produção de frutos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v.41, n.7, p.1133-1140, 2006.
ORAGUZIE, N.C.; YAMAMOTO, T.; SOEJIMA, J.; SUZUKI, T.; SILVA. H.N. DNA fingerprinting of apple (Malus spp.) rootstocks using Simple Sequence Repeats. Plant Breeding, Berlin, v.124, n.2, p.197-202, 2005.
RAMALHO, M.A.P.; SANTOS, J.B.; PINTO, C.A.B.P; SOUZA, E.A.; GONÇALVES, F.M.A.; SOUZA, J.C. Genétca na agropecuária. 4.ed. Lavras: Editora da UFLA, 2008.
ROHLF, F.J. ntSYS-pc: numerical taxonomy and multvariate analysis system. Version 2.1. New York: Exeter Sofware, 2000.
SANSALONI, C.P. desenvolvimento e aplicações de dArt (diversity Arrays technology) e genotpagem por sequenciamento (Genotyping-by-Sequencing) para análise genétca em eucalyptus. 2012. 100f. Tese (Doutorado em Biologia Molecular) – Universidade de Brasília, Brasília, DF, 2012.
SILVEIRA, D.C.; BONETTI, L.P.; TRAGNAGO, J.L.; NETO, N.; MONTEIRO, V. Caracterização agromorfológica de variedades de milho crioulo (Zea mays l.) na região noroeste do Rio Grande do Sul. ciência e tecnologia, Cruz Alta, v.1, n.1, p.1-11, 2015.
SOKAL, R.R.; ROHLF, F.J. The comparison of dendrograms by objective methods. taxon, Vienna, v.11, n.2, p.33-40, 1962.
VIEIRA, E.S.N; VON PINHO, E.V.R.; CARVALHO, M.G.G.; SILVA, P.A. Caracterização de cultvares de soja por descritores morfológicos e marcadores bioquímicos de proteínas e isoenzimas. revista Brasileira de Sementes, Londrina, v.31, n.1, p.86-94, 2009.
VIEIRA, M.L.C; SANTINI, L; DINIZ, A.L.; MUNHOZ, C.F. Microsatellite markers: what they mean and why they are so useful. Genetcs and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v.39, n.3, p.312-328, 2016.
Downloads
Published
Issue
Section
License
Copyright (c) 2018 Revista Agropecuária Catarinense
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Creative Commons Attribution 4.0 (CC BY 4.0 - internacional), permite:
Compartilhar — copiar e redistribuir o material em qualquer meio ou formato para qualquer finalidade, mesmo comercialmente.
Adaptar — remixar, transformar e desenvolver o material para qualquer propósito, mesmo comercialmente.
